Mistrzostwa Europy w biathlonie zostały rozegrane po raz pierwszy w 1994 w fińskiej miejscowości Kontiolahti. Rozegrano wówczas trzy konkurencje: bieg indywidualny, sprint oraz bieg sztafetowy. Wszystkie konkurencje zostały rozegrane dla mężczyzn i kobiet seniorów oraz juniorów. Sztafeta kobiet rozgrywana była na dystansie 3 × 7,5 km. W 1998 na mistrzostwach w Mińsku po raz pierwszy rozegrano bieg pościgowy. W 1999 bieg pościgowy nie został włączony do programu mistrzostw w Iżewsku, a dystans kobiecej sztafety zmieniono na 4 × 7,5 km. Bieg pościgowy wszedł do programu mistrzostw na stałe w 2000, na pierwszych mistrzostwach organizowanych w Polsce, w Zakopanem/Kościelisku. W 2003 kolejny raz zmieniono dystans sztafety kobiet, na rozgrywane do dziś 4 × 6 km.

Od 2016 roku oddzielnie są rozgrywane Mistrzostwa Europy juniorów w biathlonie.