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Les députés sont répartis en vingt commissions permanentes spécialisées.

Ces commissions analysent des propositions législatives à travers l'adoption de rapports, proposent des amendements en plénière et désignent une équipe de négociateurs pour mener les négociations avec le Conseil sur la législation de l'Union. Elles adoptent également des rapports d'initiative, organisent des auditions d'experts et contrôlent les autres institutions et organes de l'Union.

Une commission est composée de 25 à 90 membres titulaires et d'un nombre équivalent de membres suppléants.

Chaque commission élit, parmi ses membres titulaires, un président et jusqu'à quatre vice-présidents qui, collectivement, constituent le bureau de la commission, pour une durée de deux ans et demi. Leur composition politique reflète celle de l'assemblée plénière.

Le Parlement peut également constituer des sous-commissions et des commissions temporaires spéciales pour traiter de problèmes particuliersainsi que des commissions d'enquête chargées d'examiner les allégations d'infraction ou de mauvaise administration dans l'application du droit de l'Union européenne.

Au stade de la conciliation, les négociations sont conduites par un comité deconciliation spécialement constitué à cet effet.

Les commissions parlementaires siègent ordinairement à Bruxelles et sont assistées dans leurs travaux par un secrétariat. Leurs débats sont publics et, en principe, retransmis sur l'internet.

Les présidents de commission coordonnent les travaux des commissions au sein de la Conférence des présidents de commissions.