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 1. 外交部　　部长：陈毅（兼）
 2. 国防部　　部长：林彪（兼）
 3. 国家计划委员会　　主任：李富春（兼）
 4. 国家经济委员会　　主任：薄一波（兼）
 5. 国家科学技术委员会　　主任：聂荣臻（兼）
 6. 公安部　　部长：谢富治（兼）
 7. 内务部　　部长：曾山
 8. 民族事务委员会　　主任：乌兰夫（兼）
 9. 农业部　　部长：廖鲁言（至1966年5月由江一真代理）
10. 农垦部　　部长：王震
11. 林业部　　部长：刘文辉
12. 水产部　　部长：許德珩
13. 冶金工业部　　部长：吕东
14. 化学工业部　　部长：高扬
15. 第一机械工业部　　部长：段君毅
16. 第二机械工业部　　部长：刘杰
17. 第三机械工业部　　部长：孙志远
18. 第四机械工业部　　部长：王诤
19. 第五机械工业部　　部长：邱创成
20. 第六机械工业部　　部长：方强
21. 第七机械工业部　　部长：王秉璋
22. 第八机械工业部　　部长：陳正人
23. 煤炭工业部　　部长：张霖之
24. 石油化学工业部　　部长：余秋里
25. 水利电力部　　部长：傅作义
26. 地质部　　部长：李四光

27. 建筑工程部　　部长：李人俊
后拆分为：
建筑工程部　　部长：刘裕民
建筑材料工业部　　部长：赖际发
28. 纺织工业部　　部长：蒋光鼐
29. 轻工业部　　部长：李烛尘
30. 铁道部　　部长：吕正操
31. 交通部　　部长：孙大光
32. 邮电部　　部长：朱學範
33. 物资管理部　　部长：袁宝华
34. 劳动部　　部长：马文瑞
35. 财政部　　部长：李先念
36. 粮食部　　部长：沙千里
37. 商业部　　部长：姚依林
38. 对外贸易部　　部长：叶季壮
39. 文化部　　部长：陆定一
40. 教育部　　部长：何伟
41. 高等教育部　　部长：蒋南翔
42. 卫生部　　部长：钱信忠
43. 体育运动委员会　　主任：贺龙（兼）
44. 对外文化联络委员会　　主任：张奚若
45. 对外经济联络委员会　　主任：方毅（兼）
46. 华侨事务委员会　　主任：廖承志
47. 第二轻工业部　　部长：徐运北
48. 国家基本建设委员会　　主任：谷牧